!!NA_SEQUENCE 1.0

BSCI 348s Comparative Bioinformatics

Fall Semester, 2001

Unknown for homework assignment #2

hwk2001-2.seq Length: 3291 October 25, 2001 18:03 Type: N Check: 480 ..

1 TATTAATACT AAAATAAAAT ATTATATATA TATATATATA TTTTTTTTTT

51 TTTTTAAATG AAATAAAATT CAAGTGTAAA AATTTGATAA TTTAGAATTT

101 TTGAATTTTC TCCTAATATT TTTGAAAATA TCCCTTCATA ATATAATATA

151 CTTATACATA ATATATTTTT TTAGCATTTC TTTTTAAATA CATAAATAAA

201 ATATATATAT ATATATATTA TATATATTAT ATATATATAT ATATATATAT

251 ATATGTTGTA TATATTTATA TATTTATATA TGTATGCATA AAATCTAGCA

301 TGATAAACTG CCTATTACAG TTGAATGGTA GATTGAATTA TTTAAAAAAA

351 TATTTATTAT TAATAAATTT GTTTAATTTA AAAAATAAGG ATATAAATTT

401 TATATTAGTA AGAAAAGGTT TGTTTGTATG TGGTCTTAGA AAAATGGAAA

451 AGGATGATGT TGTGAGTAGT ACCCCTGCAG CTACGGAAGA AGCTGTGATG

501 AATGATAAGA AGAAAGAGAA GAAGGCTAAA AAGCTAGCTG AGAAAGAATT

551 AAAGTTAGCT AAGAAATTGG AAAGAGAGAA TTTAAAAAAT GAAGCAGCAA

601 AAGTATTAGA TTATGTTTGT GAAGATATAA ATAAAGATAA TTATGGGTAT

651 ATAAAAGTAA GTACATTACA AAAGTATGCA GATAGTATTA TGGAATTATA

701 TAATTTAGAA GATATATATA ATTTTTTTGT AAAATCAGAA GATTGTGAAA

751 ATGAGAAGAG AGAAATATGT GTTGATAAAA ATGTAGGTGA TGTAAAAGAT

801 GCATATAATG AAGAAAATTT ATTAGGAAAG AAGAAAATAT GGGTAAGAGG

851 AAGAATTCAT GATATTAGAT CAAAGGGTTC GATTGCTTTT ATTATATTAA

901 GGCATAAATT ATATTCCCTT CAATGTATAT TAGATATAAA GAATAATAAT

951 AATGATAAGA ATATGATGAA ATGGGTAAGT AATTTATCTT TAGAATGTAT

1001 TGTTGATATA TATGGAGAGA TTTAAAAAAC CTGAGATACC CATTGATAGT

1051 ACAAATATAA AATATGAAAT TCATATAAAT AAAATATTTT GTTTAAGTAA

1101 AACTATGAAA GAATTACCAT TTTTATTAAA AGATGCTAAT ATGAAAGAGA

1151 CGAATGATGA AATAACAATA AAAGTAAATC AAGATAATCG ATTAAATAAC

1201 AGATGCTTTG ATTTACGAAC ATATGCAAAT TATAGTATTT TTTCCTTACA

1251 ATCAGTTATA TGTCATATCT TTAGAACCTT TTTATTACAG CACAATTTTG

1301 TTGAAATTCA TACACCTAAA TTGTTGGGAG AAAGTAGTGA AGGTGGTGCT

1351 AATGCTTTTA AAATAAATTA TTTTAATCAA AATGGCTACT TAGCACAATC

1401 CCCACAATTA TATAAACAGA TGTGTATTAA CTCAGGTTTT GATAAAGTTT

1451 TTGAAGTTGG TCCAGTATTT CGAGCAGAAA ATAGTAATAC TTATAGACAC

1501 TTATGTGAAT ATGTATCATT AGATATTGAG ATGACATATA AATTTGATTA

1551 TATGGAAAAT GTCCATTTTT ATGATTCTAT GTTTAAACAT ATATTTAAAG

1601 AATTAACTAA TAATGAAAAA AATAAAACAT TTATTAAAAC AATTAAAAAT

1651 CAGTACCCAT CAGATGATTT TGTGTGGTTA GATAAAACAC CCATTTTCAC

1701 ATATGAAGAA GCTATTAAGA TTTTAATAAA AAATGGGAAA TTATTTTTAA

1751 AAGAAGAAGA CATATTAACA TATGATTTAA CAACAGACTT AGAAAAGGAA

1801 TTAGGAAAAT TAATTAAACT ATCTCATAAT ACAGATTATT ATATTATAAT

1851 AAATTTCCCA TCATCTTTAA GACCTTTCTA TACTATGTAT AAAGAAGATG

1901 ATCCTAAAAT ATCTAATTCA TATGACTTTT TTATGAGAGG AGAAGAAATT

1951 TTATCAGGTT CTCAAAGAAT AAGTGATATG AAGTTATTGT TGGAAAACAT

2001 TAAATTATTT AATTTAGATC CAAACAAATT GAACTTTTAT ATAGATTCTT

2051 TTGCATATTC TTCATATCCT CACTCTGGTT GTGGAATAGG TTTAGAGAGA

2101 GTGCTTATGT TGTTTTTGGG TTTGAATAAT ATTAGAAAAA CGTCTTTATT

2151 CCCAAGGGAC CCCAAGAGGT TGATACCTTG AGGTATTCTC TCAAAATAAA

2201 AAAAAAAAAA TAAAAAAAAT ACAAACATAT ATATATTATA TATTATATAT

2251 TATATATGTA TTATATATTT TATTATTTAT TTATTTTATT TTATTTTATT

2301 TTATTTTATA TTTATTTTTT TTTTTTTTTT TTTTTATGCT TTACATTTAA

2351 TGTATAATTA ATCGTACATT AGATTGTTGT GTTGTGTTGT GTTATGCTTG

2401 TTTACCCATT TTTATTTAAA TTAAACTAAG AGGAAAATAA AATAAAATAA

2451 AAAATATTAT ATATATATAT TTATTTATTT ATTCTTTTAA TGTGATATTA

2501 TGCAAACCTC TAATTATTAT TATTTTAAAT AAATAACTTA TTCGTCATCA

2551 TCAAACAAAA ATATGTACAT ATATATATAT ATATATATAT ATATATAATA

2601 TAATTAAAAT GTTCTTATTG ACGCATTAAT ATTTTTATAT TTAATACACA

2651 CATAAAATCA TACCATGTTC GTAATATTAT ATACCAAAGG AGCTATTTTA

2701 TTAAATTCAT TTTTTTTTTT TTTTTTTTTA AAGCCCTAAT AATTTTATTT

2751 TTACTCACAA AAATTAAATA TATACAATAT ATATATATAT ATATATTTAT

2801 TTATTTTCTT CCCTGCTATG GATGTTGATA TATACTATTT CCTTTTTAAA

2851 AAAAAATATA TATATATATA TATATCTTTT TGACATAATT CCTTTTCCCC

2901 TTTCGTAATT TAAAATAACA AGAAAAAGAT ACACAAATAT ATAAATATAT

2951 ATATATATAT ATATATATAT ATATATATAT TTATTTATTT TATAAAAACA

3001 TGAGCAATAT AAATGATAAT AATATTCAAA ACAGCGATGT AAAGGAAATA

3051 AAAAATGATG AATATATGGG AGAAGGGTAT TAGGGCGAGC TCGAATTCCG

3101 GTCTCCCTAT AGTGAGTCGT ATTAATTTCG ATAAGCCAGC TGCATTAATG

3151 AATCGGCCAA CGCGCGGGGA GAGGCGGTTT GCGTATTGGG CGCTCTTCCG

3201 CTTCCTCGCT CACTGACTCG CTGCGCTCGG TCGTTCGGCT GCGGCGAGCG

3251 GTATCAGCTC ACTCAAAGGC GGTAATACGG TTATCCACAG A